ระเบียบแบบแผนในด้านการปฏิรูปทางพระพุทธศาสนาของธรรมยุติกนิกาย โดยพระวชิรญาณเถระ (เจ้าฟ้ามงกุฏ : พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 4)

1. ทรงตั้งธรรมเนียมนมัสการพระเช้าค่ำ ที่เรียกว่าทำวัตรเช้า ทำวัตรค่ำ เป็นประจำ และทรงพระราชนิพนธ์บทสวดเป็นภาษาบาลี เป็นคาถา เป็น จุณณิยบท ซึ่งใช้แพร่หลายมาจนถึงปัจจุบันนี้ มีการรักษาศีลอุโบสถ และแสดงพระธรรมเทศนาเวลาสามโมงเช้าและบ่ายสามโมง ในวันธรรมสวนะและวันอุโบสถ เดือนละ 4 ครั้ง
2. ทรงปฏิรูปการเทศน์และการอธิบายธรรมทรงเริ่มการเทศนาด้วยฝีพระโอษฐ์ ชวนให้ผู้ฟังเข้าใจง่ายและเกิดศรัทธา ไม่โปรดเขียนหนังสือไว้เทศน์นอกจากนี้ยังทรงฝึกหัดศิษย์ให้ปฏิบัติตาม ทรงอธิบายเพื่อให้คนเข้าใจในเนื้อหาของหลักธรรม เผยแพร่หลักธรรมสู่ราษฎร อธิบายหลักอันยุ่งยากซับซ้อน คณะสงฆ์ธรรมยุติได้เพิ่มบทสวดมนต์ภาษาไทยลงไป ทำให้คนนิยมฟังเป็นอันมาก
3. ทรงกำหนดวันมาฆบูชาเป็นวันสำคัญทางศาสนาเพิ่มขึ้นจากวันวิสาขบูชา ทรงพระราชนิพนธ์คำบูชา และวางระเบียบให้เดินเวียนเทียนและสดับพระธรรมเทศนา ทรงชักนำให้บำเพ็ญกุศลตามเทศกาลต่าง ๆ เช่น ถวายสลากภัตร ตักบาตรน้ำผึ้ง ถวายผ้าจำนำพรรษา
4. ทรงแก้ไขการรับผ้ากฐินให้ถูกต้องตามพุทธบัญญัติ คือเริ่มแต่การซัก ตัด เย็บ ย้อม ให้เสร็จภายในวันเดียวกัน
5. ทรงแก้ไขการขอบรรพชา และการสวดกรรมวาจาในอุปสมบทกรรมให้ถูกต้องยิ่งขึ้น เช่น ระบุนามอุปสัมปทา และนามอุปัชฌายะ ซึ่งเป็นภาษาบาลีในกรรมวาจา การออกเสียง อักษรบาลี ทรงให้ถือหลักการออกเสียงให้ถูกฐานกรณ์ของอักขระตามหลักบาลีไวยากรณ์
6. ทรงวางระเบียบการครองผ้า คือการนุ่งห่มของภิกษุสามเณร ให้ปฏิบัติไปตามหลักเสขิยวัตรในพระวินัยเพื่อให้สุภาพเรียบร้อย (เดิมพระธรรมยุติครองจีวรห่มม้วนซ้าย แต่ตอนปลายรัชกาลพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้เปลี่ยนมาห่มห่มม้วนขวา (ห่มมังกร) ตามแบบพระสงฆ์มหานิกาย ครั้นถึงรัชกาลพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวเสวยราชย์ จึงได้กลับมาห่มม้วนซ้ายตามเดิม) ทรงวางระเบียบการกราบไหว้ของพระภิกษุสามเณร และระเบียบอาจารยะมารยาท ต้องวางตัวให้น่าเลื่อมใสศรัทธา สังวรในกิริยามารยาทและขนบธรรมเนียม
7. ทรงให้พระสงฆ์ธรรมยุติ ศึกษาพระปริยัติธรรมให้แตกฉาน สามารถแสดงธรรมเทศนา สั่งสอน สามารถแยกระหว่างความเชื่อที่มีเหตุผล และความเชื่อในสิ่งที่ไม่สามารถอธิบายได้ การศึกษาในด้านวิปัสสนาธุระ ไม่ใช่รับรู้เฉพาะสมถะวิธีอันเป็นเบื้องต้น แต่ให้รับรู้ไปถึงขั้นวิปัสสนากรรมฐาน การปฏิบัติตามพระวินัย ทรงให้ถือหลักว่าสิ่งใดที่สงสัยและน่ารังเกียจไม่ควรกระทำโดยเด็ดขาด พึงเคารพพระวินัยอย่างเคร่งครัด
8. ทรงเห็นความสำคัญในการศึกษาหา ความรู้สาขาอื่น ๆ ของพระสงฆ์ จึงทรงอนุญาตให้พระสงฆ์เข้าศึกษาภาษาอังกฤษกับหมอแคสเวล (Reverend Jesse Caswell) ตามความสนใจ ทำให้มีการสืบสานการเข้าศึกษาหาความรู้เพิ่มเติมของพระสงฆ์มาจนถึงปัจจุบัน